功略：序章
厄爾畢斯之事件結束後的兩個月，世界再次恢復了和平，為了解決能源問題反抗軍的同志們決定與新‧阿爾卡迪亞的人員重修舊好，於是領導者雪兒寄了一份新能源研究計畫system.ciel給新‧阿爾卡迪亞，希望能達成協議...
這一天，反抗軍的同志們偵測到在雪原落下的戰艦中，有著與黑暗精靈有相同反應的巨大能量，於是，雪兒與傑洛便帶著同志們一起前往該地調查。傑洛為了保護反抗軍的安全，於是打算自己孤身進入謎之戰艦中調查，同時，收到情報的新‧阿爾卡迪亞的三天王們，也來到了此處調查，在戰艦的深處，有謎之聲正呼喚著傑洛。
當傑洛到達戰艦的最深處後，卻發現三天王中的法布尼爾和蕾維雅丹遭敵人重創，出現在眼前的那位敵人─竟然是一百前就已被新‧阿爾卡迪亞放逐的思考型機器人─奧米加。傑洛於是接下了戰鬥，瞬間將奧米加擊敗，同時赫爾琵雅也出現加以重擊奧米加。但是，這時奧米加卻啟動了回復機能，再次回復到原先不受傷害的樣子...
就在這時，奧米加的身邊出現了一位一百前就已被新‧阿爾卡迪亞放逐的可怕人物─拜魯博士，同時已故的複製艾克斯這時也現身。原來將複製艾克斯復活的就是拜魯，身為救命恩人的拜魯也要求複製艾克斯將奧米加復活。赫爾琵雅雖然無法同意讓曾經破壞世界的拜魯成為新‧阿爾卡迪亞的夥伴，但是在艾克斯大人的威嚇之下只好接受。為了防止新‧阿爾卡迪亞獲得黑暗精靈，讓拜魯再次引發災害，傑洛決定開始進行搜尋黑暗精靈的任務，新的事件再次展開...
第一章 奪取黑暗精靈
為了防止新‧阿爾卡迪亞取得黑暗精靈，傑洛踏上了奪取黑暗精靈的旅程，面對的是拜魯八審官的其中四員─左炎審官“曼陀羅火碎龍”─燃燒使徒‧佛倫德、左冰審官“凍葬的死兔”─小童‧兔子依娜、右雷審官“神死慟瞑”─地獄蝙蝠‧席魯多、月光審官“殺刃祈?#092;師”─死亡舞曲‧祈?#092;螳螂。雖然傑洛很努力的將所有的敵人擊退，但是仍讓幼兒黑暗精靈寶寶落入拜魯手中，這時的新‧阿爾卡迪亞...
在新‧阿爾卡迪亞的本部中，賢將赫爾琵亞正和複製艾克斯大人爭論著拜魯博士之留存問題，但是由於拜魯從中挑撥離間，使得四天王失去了位置，並且所有軍事指揮權全部落入拜魯手中。目前的艾克斯大人只相信拜魯所說的話，掌握大權的拜魯這時準備開始實行帝制計畫...
第二章 阻止飛彈危機
這時反抗軍基地偵測到，藏有奧米加的巨大飛彈飛向位於Z-3079區域的人類居住區，而這個地方正好有著黑暗精靈的反應，傑洛於是立刻前往目的地阻止飛彈發射，但是仍然遲一步讓飛彈發射出去，雖然傑洛成功衝入飛彈中擊倒幼兒黑暗精靈，但是仍無法阻止飛彈爆炸。人類居住區就在飛彈的轟炸下毀了。
在這片廢墟之上，邪惡的奧米加成功吸收了黑暗精靈的力量，變身成為金色的奧米加。無法在坐視不管的赫爾琵雅，這時衝出去給予奧米加重擊，但是反而被奧米加的攻擊重創。在這危機一髮的時刻，傳送員即時將傑洛和負傷的赫爾琵雅傳送回反抗軍基地，正大家鬆了一口氣時，反抗軍卻收到新‧阿爾卡迪亞傳來的訊息...
複製艾克斯侵入反抗軍的連線迴路與領導者雪兒對話，要求雪兒將system.ciel讓給新‧阿爾卡迪亞，如此一來就能保障所有機器人的安全。但是雪兒無法信任為了虛假的正義而犧牲人類的新‧阿爾卡迪亞，於是拒絕將system.ciel交給新‧阿爾卡迪亞。聽到這件事的複製克斯大怒，於是派遣新‧阿爾卡迪亞的部隊進攻反抗軍基地，打算一口氣削平反抗軍基地，傑洛於是立刻上前迎擊...
第三章 逆襲
在傑洛矯健的身手下，順利將曾遇見過的─阿努比斯提普‧涅克羅曼畢斯5世、哈努馬錫恩R、暴風雪冰鹿R擊退，並且直接攻進新‧阿爾卡迪亞指揮本部，與複製艾克斯MK2對決。在傑洛的攻擊之下複製艾克斯終於被擊敗，複製艾克斯正準備向拜魯討救兵時，卻發現拜魯早已逃走。複製艾克斯終於發現自己被拜魯騙了，不服氣的複製艾克斯，於是將所有的怨氣發洩到傑洛身上，想變身成為第二型態，但是拜魯卻早已在複製艾克斯體內設好陷阱，只要複製艾克斯變身成為第二型態就會爆炸。複製艾克斯於是就這樣死去了...
複製艾克斯駕崩後，螢幕傳來了拜魯的身影，拜魯向人類們宣告複製艾克斯的死亡，並且自動登上了新‧阿爾卡迪亞統治者的位置。原來，這一切陰?#092;拜魯早就計畫好了，為了避免拜魯再次引發一次妖精戰爭，傑洛必須繼續追討拜魯下去，在這之前先回到反抗軍基地做備戰準備...
第四章 調查報告
為了尋找有關拜魯和奧米加的資料，傑洛開始進行搜尋資料的任務，深入各個可疑遺跡尋找相關資料，同時面對的敵人仍然是八審官中的四個成員─右炎審官“百念的狐毒”─邱比特˙芙可絲塔、右冰審官“超球冰霸王”─冰河王‧李‧卡克坦克、左雷審官“能鰻雷神”─電壓伏特‧拜布羅、冥闇審官“咬哭的守護”─反叛審查人‧地獄犬里安，在傑洛的攻擊之下，這些敵人完全不是對手，從傑洛帶回的資料中，一切真相將明朗化...
在雪兒解析資料期間，傑洛趁機去醫護室探望負傷的赫爾琵雅。赫爾琵雅雖然有傷在身，卻不願待在這裡等待救援，為了一切人類的未來，赫爾琵雅決定離開此處，抱著必死的決心繼續阻止拜魯的野心...赫爾琵雅，你果然比複製艾克斯大人還適合擔任新‧阿爾卡迪亞的領導者，
傑洛返回司令室後，雪兒已解析出資料內容，資料的內容關於著100年前妖精戰爭的事情：妖精戰爭是因為大量使用黑暗精靈所引發，大約花費四年才平息，所謂黑暗精靈以及她的複製品，可以自由控制思考型機器人，在黑暗精靈的濫用下，造成90%的思考型機器人及60%的人類死亡。看來拜魯操縱工廠的目的就是想要複製黑暗精靈，再次引發妖精戰爭...
當雪兒說完一切妖精戰爭氖箩幔蝗换貎人械乃伎夹蜋C器人全部異常化，原來拜魯利用奧米加以及黑暗精靈的力量，已經完全控制了全世界的思考型機器人。反抗軍裡的機器人，全部拿著槍對著傑洛和雪兒，正當危機之時，電子精靈艾克斯及時出現，用他自己的力量除去控制著反抗軍機器人的黑暗精靈的力量，讓一切暫時平息...
這時艾克斯告訴傑洛，他已得知拜魯的位置了，拜魯所在地方就在─新‧阿爾卡迪亞的地下動力部─Under.Neo，拜魯就是在這個地方傳送黑暗精靈的力量，現在能拯救這個世界的只剩艾克斯和傑洛了，傑洛，於是立刻往目標地前進...
第五章 另外一個自己
深入Under.Neo後，果然找到了等待在那的拜魯，但是傑洛還是不小心讓拜魯給逃了，並且拜魯還放出黑暗精靈的複製品─幼兒精靈來阻饒傑洛，不過在傑洛的揮刀下，弱小的幼兒精靈馬上被消滅，沒有資訊，這時傑洛只能暫時返回基地待命...
返回基地後，艾克斯又傳送新的座標過來，這次傑洛得知拜魯及奧米加的位置位於拜魯以前所用的廢棄研究所，這個地方與傑洛沉睡的地方相當近，也是最後決戰的舞台，不論一切為何，傑洛立刻隻身前往目標地...
在研究所擊倒複製的八審官後，傑洛終於面對可惡的拜魯，這個世界已經被拜魯所掌控，如果不把拜魯這個非正規人類抹殺，則和平將不會到來。為了人類和機器人一切的未來，傑洛開始與奧米加戰鬥...
奧米加的攻擊模式與之前並沒有多大改變，在傑洛的攻擊之下很快就打倒了奧米加。但這時地板突然塌陷，眼前的奧米加，這時變形成了似乎由艾克斯與傑洛合體的第二型態，接收黑暗精靈力量的奧米加果然厲害，但是在傑洛面前仍然不是對手...
擊倒奧米加的第二型態後，傑洛掉落到了一個熟悉的地方，眼前的地方，似乎就是傑洛沉睡的老舊研究所。這時傑洛眼前突然射出一道強光，強光後出現的，竟然是另一個傑洛。
這時可惡的拜魯哈哈大笑，告訴傑洛這個「複製品」其實在他眼前的這個被奧米加所控制的傑洛才是貨真價實的傑洛，傑洛，雖然仍然不曉得怎麼回事，但是只要膽敢出現在他前面的，就是敵人，傑洛於是再次拿出劍，Zero VS Omega Zero BATTLE START
毀滅OmegaZero後，黑暗精靈從奧米加傑洛的身體裡出現，打算幫奧米加傑洛回復，雖然三天王們及時阻饒，但是仍然被黑暗精靈的力量彈開，但是在艾克斯與三天王的勸說下，黑暗精靈逐漸從拜魯的詛咒中解脫，漸漸停止回復奧米加傑洛的生命。「你的身體雖然是複製的，但是你的心...卻是無庸置疑的真心」在艾克斯的勸導下，傑洛就像100年前結束妖精戰爭一般，揮刀親手毀掉奧米加傑洛...
在傑洛的光劍之下，為這場戰役畫下了終點，但是在一片耀眼的光中，艾克斯卻無法繼續存活在這個世界，在臨別前，艾克斯將守護世界的任務交給了傑洛，艾克斯...
一片白色中不斷有著呼喚傑洛的聲音，當傑洛醒來後才發現自己已經被黑暗精靈送回了反抗軍的基地，雪兒雖然對於沒有告訴傑洛有關他的身體是複製的事感到自責，但是傑洛卻不以為意。
「我，除了我以外其他都不是...我是...傑洛！」
